グーグルフォトとはてなブログでグーグルフォトから写真を挿入しようとした時の枚数の違いについて

スマホの写真保存先が複数存在する。

これでおかしくなることは考えがたいです。(ただしスマートフォン内蔵の写真アプリには保存しないカメラアプリで撮影した場合は除きます)
おつかいのスマートフォンがiPhoneの場合、スマートフォン内蔵の写真アプリにあるものは自動的にすべてアップロードされるため、とくに設定はいりません。ただし、スマートフォン内蔵の写真アプリにないものは写真アプリにおくってください。
Androidの場合、カメラ以外で撮影した写真 (スクリーンショットなど) もGoogle フォトにおくりたい場合は、Google フォトの設定 →「バックアップと同期」で「端末のフォルダのバックアップ」をオンにしてください。
本体に保存されている、SDカードに保存されているなどで影響が発生することはありませんのでご安心ください。
そのため、原因が上記でしたら上記の設定をみなおしていただくだけですぐに解決します。
※ もし下の原因もかんがえられるのであれば、さきに下の原因を解決してから、上の設定をおこなってください。

グーグルアカウントを途中から2つにしたため、写真が分散してバックアップされている。

こちらの可能性もかんがえられるということですね。この場合、途中からアカウントをひとつに統合することはできませんので、ご了承ください。
その場合は、今後撮影する写真以降になってしまいますが、以下のどちらかの方法でのりきってください。設定以前の写真については、申し訳ないですが、あきらめていただくか、はてなフォトライフに投稿するかで対応してください。
※ はてなブログの記事を書く画面の「写真を投稿」機能を利用すると、フォトライフに自動投稿されますが、PCとスマートフォン同士で写真をやりとりするのが面倒な場合は、メール投稿機能を利用することもできます。メール投稿の場合、スマホで下書きまで書く場合は「はてなブログ」のメールアドレスに投稿を ( @ の前に .draft をつけると下書き保存になります) 、下書きからPCで書く予定の場合は「はてなフォトライフ」に投稿すると便利です。

• 方法1: スマホに2つアカウントを設定する
  • iPhoneの場合、設定は簡単です。Google フォトのメニューの一番上にアカウント名が表示されているため、そこから「別のアカウントを追加」で2つめのアカウントも追加してください。
  • Androidの場合、機種によって操作方法が変わってしまうため、操作方法は同一ではないかもしれません。端末の設定から (Google フォトの設定ではない) 、「アカウント」→「アカウントの追加」で2つめのアカウントを追加してください。
  • iPhoneでもAndroidでも、アカウントの設定後は、Google フォトの設定 →「バックアップと同期」でバックアップするアカウントがただしいほうに設定されているかご確認ください。
• 方法2: 写真のバックアップ用のアカウントを作成する
  • 操作手順自体は方法1とおなじなので省略します。
  • アカウントが3つになってしまいますが、もし今後もアカウントを追加・変更などする予定がある場合は、こちらのほうが確実に写真をバックアップできます。もしくは、なんらかの理由があり2つのアカウントのどちらにも写真管理をひもづけたくない場合にも利用できます。
  • PCでも複数アカウントを設定できますが、はてなブログのGoogle フォト挿入機能ではそのときログインしているアカウントしか利用できないため、PCで利用しているブラウザーがGoogle Chromeではない場合、毎回Googleのページにアクセスしてアカウントを切りかえる必要があるのは手間がかかるかもしれません。
    • もしおつかいのPCで利用しているブラウザーがGoogle Chromeなら、ブラウザーのデータ自体がアカウントにひもづけられるため、Chromeの設定 → 「他のユーザーを管理」で画像管理専用のアカウントを追加しておき、はてなブログの記事作成もそのアカウントでおこなうと写真を貼り付けるのが楽になります。
    • Chromeでは複数のアカウントの画面を同時にたちあげることができます。そのため、もしアカウントごとに画面デザインを変更して区別したい場合は、Chromeの設定 → 「テーマ」が利用できます。(Chromeはバージョンごとにデザインの差異があるためテーマプレビューと完全に同一の見た目にはならない場合があるのはご了承ください)

なお、写真管理用のアカウントは、なるべく変更せずに利用することをおすすめします。