会社の自分のロッカーで財布を調べたところ2000円が盗まれてしまいました。どのようにすれば、よろしいでしょうか？

確実な証拠が無ければ泣き寝入り「するべき」です。
下手したらオオカミ少年に仕立て上げられる可能性があります。
ロッカーにサイフを放置するのはあまりに不用心です。
警察への被害届よりも、上司に被害があったことを報告して、例えば監視カメラなどの対策をしてもらうべきでしょう。
今後は几帳面に施錠するなど、できるだけ自衛するべきです。
できればロッカーに現金を置かない方が良い。

貴重品を施錠しないロッカーにしまう場合、盗難があった時は自己責任が一般的と思います。今回は、自分の過ちと受けとめて、再度事故が発生しないよう自身で防備を考えましょう。