http://www.hotwired.co.jp/webmonkey/98/50/index3a_page7.html
404 Error - FC2.com
透明FLASH+Javascript+CSSレイヤ
詳しくは下の記事
参考にします.
あれはFlashだけじゃなくてJAVAか何か使ってると思いますよ。
気になるようならまず、そういうサイトのソースを見てみることをお勧めします^^
JavaScriptは使っているかもしれませんが,JAVAは使っていないみたいですね.
Flashの透過度を変更することで対応可能です。
紹介したサイトは、こんなこともできてしまうというう例です。長文ですが、詳しく説明されているので参考になると思います。