こちらで、皇室の敬称について考察されています。
http://kahkun3601.at.webry.info/200602/article_7.html
一言で言うと「親しみやすい敬称」というのが「さま」を使う理由のようですね。
こちらのブログの方が調べたところ、『記者ハンドブック -新聞用字用語集 第10版-』に、「様」をひらがなにひらくことが載っているようです。
http://d.hatena.ne.jp/abuxabu/20060907/1157618755
私はとある行政機関で機関紙の編集をしていたのですが、たしか、このハンドブックを使っていました。ただ、各語についての詳細な説明は無い覚えがあります。
統一というわけではないですが、お手本としてこういうのがあるのと、また、ハンドブックを読まれない方でも「漢字+ひらがな」になる読みやすさから、使うのだと思います。
蛇足ですが、「様」にこだわる理由がないというのも一因だと考えます。1のご回答にあるように、典範では「殿下」なので、漢字表記にしたい方は、むしろ「殿下」にされるのではないでしょうか。