悠仁さまのご生誕に関する各報道を観ていて思ったのですが､こちらで､皇室の敬称について考察されています｡
http://kahkun3601.at.webry.info/200602/article_7.html
一言で言うと｢親しみやすい敬称｣というのが｢さま｣を使う理由のようですね｡
こちらのﾌﾞﾛｸﾞの方が調べたところ､『記者ﾊﾝﾄﾞﾌﾞｯｸ -新聞用字用語集 第10版-』に､｢様｣をひらがなにひらくことが載っているようです｡
http://d.hatena.ne.jp/abuxabu/20060907/1157618755
私はとある行政機関で機関紙の編集をしていたのですが､たしか､このﾊﾝﾄﾞﾌﾞｯｸを使っていました｡ただ､各語についての詳細な説明は無い覚えがあります｡
統一というわけではないですが､お手本としてこういうのがあるのと､また､ﾊﾝﾄﾞﾌﾞｯｸを読まれない方でも｢漢字＋ひらがな｣になる読みやすさから､使うのだと思います｡
蛇足ですが､｢様｣にこだわる理由がないというのも一因だと考えます｡1のご回答にあるように､典範では｢殿下｣なので､漢字表記にしたい方は､むしろ｢殿下｣にされるのではないでしょうか｡
