http://homepage2.nifty.com/akahori/new_page_171.htm
参考になりますでしょうか?
両社の割り印が押してあるのが普通です。(基本だと思います。)
片方の印だけで済ませるなら、相手の割り印を貰ったものを保管するべきです。(自社の割り印なら貰ってからでも押せるので。)
民間企業同士の取引だと実務的には両社で1枚ずつ収入印紙を購入し、双方の割り印が押してあるのでどちらでもお好きな方をどうぞとなります。片方の割り印しかないと、合意の上の契約として認められません。少なくとも相手側の割り印は必要です。
民間と官公庁の取り引きだと官公庁側に印紙税を納める義務がなく、1通にしか収入印紙が貼られません。その場合、印紙税を納めている証拠が必要ですから、収入印紙を購入して貼った民間企業側が収入印紙の貼ってある契約書を保管することになります。税務署の監査を円滑にするためです。
契約書ではなく請け書の場合、受注側がこの条件でなら仕事を受けますという誓約書ですから、受注側が収入印紙を購入し、それに割り印をして発注側で保管することになります。
基本的に両者の割印を押すのが普通だと思います。
片方だけの場合は相手側の割印がある方を保管するべきです。
ただ、簡単に考えると、再利用をしないようにするためにするのが目的の割印だと思いますので、どちらかの割印を押していれば大丈夫だとは思いますが。