~/.xinitrcあたりじゃないですか？
http://iris.homeunix.net/yayoi/freebsd/xsetting/xinitrc.asp
http://itpro.nikkeibp.co.jp/linux/column/review/1/use.shtml
こちらをご参考にどうぞ｡
Vine Linuxでﾛｸﾞｲﾝ直後にGnomeﾃｷｽﾄｴﾃﾞｨﾀ､Gnome端末が勝手に立ち上がってしまいます｡設定を変更すればよいと思うのですが､どこを変更すればよいか分かりません｡