MySQLに限りませんが、Shift-JISは、文字化けに限らず、正規表現、比較が思った通り動かない等々、多々問題を起こすので、そもそも使わないです。
RDB,ミドルウェア(PHP,Perl)の内部処理の文字コードはEUC-JPまたはUTF-8にし、入出力の部分でShift-JISに変換しています。
確かに、変換がオーバーヘッドとなりプログラム処理効率は下がりますが、全体の開発効率と天秤にかけての判断でしょう。
漠然とした質問ですいません。
SJISは使わないようにしました。
今まで、作った物はすべてUTF-8に変換しようと思います。