http://www.askul.co.jp/s/10/1005/0103016/01030160001/1/1/20/0/
こういうクリアケースに入れるのはどうですか?
枚数が少ないなら『レールクリヤーホルダー』
http://www.altech.ne.jp/product/249-294.htm
枚数が多いなら『ケースファイル』
http://www.altech.ne.jp/category/409_1_0.htm
http://www.altech.ne.jp/picture/256/256-564/500256-564.jpg
ケースファイルは色々ありますが、今後量が増える可能性があるのであれば、
棚に立てることができたり、横に寝かせた時にも中身がわかるように、
背にラベルが貼れる物が整理しやすくてお勧めできます。
色が付いているとジャンル分けも楽です。