MySQL 4.0→4.1 にバージョンアップしたとき、文字コードに対する考え方が大きく変わりました。
このため、いままで2バイト文字を2文字と数えていた文字列関数も、カラムの設定によっては正しく(?)1文字とカウントするようになりました。
このことが影響していると思われます。