別子銅山
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%88%A5%E5%AD%90%E9%8A%85%E5%B1%B...
最深部は海抜マイナス1,000メートルにもおよび、日本で人間が到達した最深部である。
たぶん、ここでしょう。
いろいろ定義できそうで難しいのですが
地表から掘り下げたところとしては
海面下160mまで掘っている八戸キャニオン
http://www.uchinome.jp/mitearuki/mitearuki22.html
一般の人が通過できるという意味では(あくまでも通過だけですが)
青函トンネル海面下240m
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%9D%92%E5%87%BD%E3%83%88%E3%83%B...
一般の人が入れる地下鉄駅としては
大江戸線六本木駅地下42m
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%85%AD%E6%9C%AC%E6%9C%A8%E9%A7%8...
鉱山では1番かどうかはっきりしないのですが
北海道釧路市にあった太平洋炭鉱(石炭)の坑道が
地下680mだったようです
http://wing.zero.ad.jp/~zbc54213/taiheiyou-tankoo.html
建物だと
国立国会図書館が地下8階まであるのは知っていますが
http://www.ndl.go.jp/jp/aboutus/data_operat_03environment.html
もっと深い建物があるかどうかは見つかりませんでした
「深いほど安全」 日本原子力研究基地は地下1000メートル
http://japanese.joins.com/article/article.php?aid=110992&servcod...
日本で一番深い駅は大江戸線六本木駅の地下42m。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1216085...