単に遅くなったというだけではどうとも言えないのですが、セーフモードでは問題なさそうなので、たぶん、ドライバやシステムファイルなどのOSの問題なのでしょう。
ドライバ類はコンパネで、、、レジストリスキャンなどもやってみるといいかもしれません。
http://onecare.live.com/site/ja-jp/default.htm?redir=true
http://www1.uniblue.com/pc/rb/google/content/jp/img/2/
http://www.piriform.com/ccleaner
ゴミ箱を空にしたり、IEのキャッシュを削除したりのディスククリーンアップもしておいて下さい。
(先にやっておいた方がゴミ箱をスキャンしたりの時間が節約できます)
でも、原因がはっきりしませんから、これで直る可能性はあまり高くないです。
修復インストールなども必要かもしれません。
もちろん、大事なデータのバックアップが一番最初。
フリーソフトのWin高速化をお試しください。
Advanced SystemCare
http://www.forest.impress.co.jp/article/2009/05/19/advanced_sysc...
この中の管理ツールのスタートアップ管理
で、スタート時に起動されるプログラムで必要ないものをはずしてみてはどうかと思います。
あとは、このツールで、適当に最適化すればもとに戻る可能性が高いです。
かみさま