「現在実行中のアプリケーションのウインドウを隠す」機能に「command + H」が割り当てられているようですので、「システム環境設定」→「キーボードとマウス」→「キーボードショートカット」で別のショートカットを設定すると良さそうです。
http://allabout.co.jp/gm/gc/2440/
http://support.apple.com/kb/HT1343?viewlocale=ja_JP&locale=ja_JP