ﾌﾞﾛｸﾞ記事を｢削除｣というのは､ﾌﾞﾛｸﾞ記事一覧から行なわれているものと思います｡

あるいは､削除ではなく､個々のﾌﾞﾛｸﾞ記事編集画面にて､右側の｢公開取り消し｣ﾎﾞﾀﾝをｸﾘｯｸしても､ﾌｧｲﾙ自体が削除されるはずです｡

いずれの場合も､当方の環境では404 not foundになること(つまりﾌｧｲﾙが削除されていること)が確認できました｡

また､MT経由でﾌﾞﾛｸﾞに作成／ｱｯﾌﾟﾛｰﾄﾞしたﾌｧｲﾙについては､｢ｱｲﾃﾑの管理｣画面でﾁｪｯｸを入れて削除すれば､当方の環境ではﾌｧｲﾙ自体が削除されることが確認できました｡(当方はhetemlを使用しています)

もしこれで消えないとしたら､ｻｰﾊﾞｰにおけるﾊﾟｰﾐｯｼｮﾝ設定などの問題が考えられます｡ｻｰﾊﾞｰによっては､mt-config.cgi の中でﾊﾟｰﾐｯｼｮﾝを設定する必要があるかもしれません｡