子会社化しても、事業単体の収益が必ずしも改善するわけではありません。
(売上、利益率など)
また料金改訂を行う場合は鉄道事業法などの絡みもあり、一社の考えだけですぐに改訂できるものでもないようです。
http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S61/S61HO092.html
※第十六条、旅客の運賃及び料金
東京モノレールがどうかはわかりませんが、鉄道事業は収益性がよくないところが多いとも聞きます。
他社の路線や交通手段が大幅に値下げするなどでお客さんを大幅に取られたり、安くすることで収益性が改善されるとの判断がなされれば、話は変わってきそうな気もしますがすぐには難しいのかもしれないですね。