XRECODE(http://xrecode.com/)とかどうでしょうか?
無料のデモ版では起動時に一定時間待つ必要がありますが、機能制限等はありません。
iTunesに付属するAACのエンコーダ(Quicktimeの流用)が最も高性能です.
iTunesは完全なフリーウェアです.
http://www.apple.com/jp/itunes/download/