mrtg付属のcfgmakerでmrtg.cfgが作成できるかチェックしてみてください。
参考:@IT:MRTGによるサーバ監視システムの構築(1/3)
--logging ファイル名
で、詳細なログがファイルに出力されるそうです。
http://www.mrtg.jp/doc/reference.html
あと、WorkDir以下になにかファイルが出来ていませんか?