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遺伝子あるいは蛋白質の発現の組織特異性を調べられるデータベースを教えて下さい。簡単な解説もお願いいたします。

●質問者: photos
●カテゴリ:医療・健康 科学・統計資料
○ 状態 :終了
└ 回答数 : 2/2件

▽最新の回答へ

1 ● theninja007
●50ポイント

東大の先端科学技術研究センターのシステム生物医学ラボラトリーが、『SBM DB システム生物医学データベース』を提供しています。ヒトの正常組織や、様々な、組織や細胞、疾患状態や薬剤による遺伝子発現プロファイルを oligo-nuculeotide DNAマイクロアレイ「GeneChip(R)」により解析したものです。

http://www.lsbm.org/database/index.html

その他、国外の機関によるデータベースも含め以下のサイトが参考になると思います。

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9%E4%B8%80%E8%A6%A7(%E6%A7%8B%E7%AF%89%E5%9E%8B%E5%88%86%E9%A1%9E_%E5%AE%8C%E5%85%A8%E7%89%88)


2 ● suppadv
●50ポイント

MEDALSが便利です。

ここから、自分の目的に一番良さそうなデータベースを選べます。

http://medals.jp/list/list_alldb

いくつかピックアップしてみました。

CellMontage

CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。

H-ANGEL

H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。

H-Exp

iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、?表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、?遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、?遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。

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