ｸｯｷｰはﾏﾙﾁﾊﾞｲﾄ文字を処理できず､また､
ｽﾍﾟｰｽなど含んではいけない文字も存在します
phpのように自動的に変換してくれるものもありますが､
いくつか質問しておられるJAVAScriptであれば､
ｸｯｷｰに格納する際にはescape
ｸｯｷｰから読み取った際にはunescapeという処理が必要になります
(元々の文字ｺｰﾄﾞは格納時と読み取り字で同じにしておけば良いです)
詳しくは下記などを参照
http://www.tohoho-web.com/wwwcook.htm
cookieに書き込んだvalueの文字化けはどうすれば直るのでしょうか？