実行中のﾌﾟﾛｾｽは Process.GetProcessesByName() で取得可能です｡

■ Process.GetProcessesByName ﾒｿｯﾄﾞ (String) (System.Diagnostics)
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/z3w4xdc9(VS.80).aspx

Private Sub Button1_Click(sender As System.Object, e As System.EventArgs) Handles Button1.Click
  ' ﾌﾟﾛｾｽ名を指定して､ﾌﾟﾛｾｽの配列を取得(拡張子 .exe は不要)
 Dim ps As Process() = Process.GetProcessesByName("Sample")

 Dim p
 For Each p In ps
  ' ﾌﾟﾛｾｽが終了するまで待機する
 p.WaitForExit()


  ' ﾌﾟﾛｾｽが終了した旨を表示する
 MessageBox.Show("終了")
 Next

End Sub