新しい設定に合わせて､過去の投稿も含めてすべての投稿のURLが変わります｡
古いURLにｱｸｾｽされた時のために､以下のﾍﾟｰｼﾞで紹介されているようなﾌﾟﾗｸﾞｲﾝを利用して対処しているようです｡

http://weble.org/2009/11/08/wordpress-permalinks-change

※｢Permalink Redirect｣の場合､以下のような情報もあります｡
http://dejavu-i.com/blog/tag/permalink-redirect
http://koriba.aminchu.net/%E3%83%88%E3%83%A9%E3%82%A4%EF%BC%86%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC/%E3%80%90%E8%A7%A3%E6%B1%BA%E3%80%91permalink-redirect-%E3%81%A7%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8%E9%80%81%E3%82%8A%E3%81%A7%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC.html

環境によっては｢Permalinks Migration Plugin for wordpress(Dean's Permalinks Migration)｣でも同様の問題が発生する可能性がありますが､まずは導入して動作を確認してみてください｡
※｢Old Permalink Structure｣の設定を保存してから､ﾊﾟｰﾏﾘﾝｸを設定し直す必要があります｡
※古いﾌﾟﾗｸﾞｲﾝですが､3.3.1の動作報告もありますし､私の環境(3.3.1)でも動作しました｡