FormﾍﾙﾊﾟｰのdateTimeﾒｿｯﾄﾞはその名の通り日付を扱うためのものです｡
そのため､

data[FormName][FieldName][year]
data[FormName][FieldName][month]
data[FormName][FieldName][day]

のような名前に自動で設定されます｡
また､

$this->Form->dateTime('year', 'Y', ･･･);

あるいは､

$this->Form->year('year', 'Y', ･･･);

とした場合の第1引数は上記のFieldNameに相当する部分なので､このような動作をします｡

では､どうするかですが､

1．ﾍﾞﾀに書く
2．FormHelper::selectを直に使う
3．ﾍﾙﾊﾟｰを書く
4．ﾃﾞｰﾀを整形する

のいずれかではないでしょうか｡

1はいいとして､2はこんな感じ｡

<?php
$yearList = array();
for ($year = 1000; $year <= 2000; ++$year) {
 $yearList[] = $year;
}
$this->Form->select('year', $yearList);

ただ､ﾃﾝﾌﾟﾚｰﾄﾌｧｲﾙにｺｰﾄﾞあんまり書きたくないなぁって思えば､これをﾍﾙﾊﾟｰに登録してしまえばいいでしょうってのが3です｡

class TestHelper extends AppHelper {
 
 var $helpers = array('Form');

 function selectYear($field, $minYear, $maxYear) 
 {
 $yearList = array();
 for ($year = 1000; $year <= 2000; ++$year) {
 $yearList[] = $year;
 }
 return $this->Form->select('year', $yearList);
 }

}

のようなﾍﾙﾊﾟｰを書いておいて､これを読むようにしておけば､

$this->Test->selectYear('year', 1000, 2000);

でいけます｡

ここまでが､出力するHTMLをなんとかしようという方法で､逆にﾋﾞｭｰ側には手を加えずに受け取ったﾃﾞｰﾀを加工してしまおうっていうのが4です｡

とりあえず､動くだけなら､

if (!empty($this->data['FormName']['FieldName'])) {
 if (!empty($this->data['FormName']['FieldName']['year'])) {
 $this->data['FormName']['FieldName'] = $this->data['FormName']['FieldName']['year'];
 } else {
 $this->data['FormName']['FieldName'] = ﾃﾞﾌｫﾙﾄ値
 }
}

みたいなのをControllerなり､Modelなり､Behaviorなりに書いておけばよいかなと｡
記憶が確かでしたら､DBの型がdatetimeとかになっていれば､上記のようなことは自動でCakePHPがやってくれたと思います｡

恐らく今回は､DBの方がintで､それにdatetimeとしてCakePHPが使う構造のﾃﾞｰﾀとして持っていたため､うまく動かなかったのかと｡

何かの参考になれば｡