こういったツールを使うなんてどうでしょう?用いるJPEGがどんななのか?ですが。ステレオフォトメーカー
Nintendo 3DSのMPOファイルの読み書き対応
などとも書いています。ブックマークもまあ付いてますし。使ってないので、実際のところはわかりませんがヘッダの中身をお勉強して、バイナリエディタなど使いながら……なんて方法よりはよっぼど楽だと思います。オンラインヘルプでも眺めてみてください。