ｾﾙの色を使う場合は､条件付き書式でできます｡
http://www.eurus.dti.ne.jp/yoneyama/Excel/jyo-syo.html
この場合､｢ｾﾙの値が｣｢等しい｣という設定をして背景色を付けたりすればいいです｡

違う文字の場合は､別のｾﾙに

=IF(A1=B1,"○","×")

のような数式でｾﾙを比較して結果を表示するようにします｡

入力ﾃﾞｰﾀを別のｼｰﾄに記入されているのであれば､
入力ｾﾙ自体をｺﾝﾎﾞﾎﾞｯｸｽの選択ｾﾙにしてしまっては
いかがですか？

[入力規則2 【ﾘｽﾄ2】別のｼｰﾄ]
http://www.eurus.dti.ne.jp/yoneyama/Excel/n-kis.htm

ｺﾝﾎﾞﾎﾞｯｸｽにする事により､入力のﾐｽがなくなるはずです｡

2つのｾﾙを比較してお互いに相手にない余分な部分を赤字にするﾏｸﾛです｡
ここではA1ｾﾙとB1ｾﾙを比較するｻﾝﾌﾟﾙです｡
全て黒字なら同じということです｡
1文字ずつのﾏｯﾁﾝｸﾞなので実用的ではない場合もありますがご容赦ください｡

Sub ﾃｷｽﾄﾏｯﾁﾝｸﾞ()
 Dim cel1 As Range
 Dim cel2 As Range
 Dim i As Long
 Dim j As Long
 Dim p As Long
 
 Set cel1 = Range("A1")
 Set cel2 = Range("B1")
 
 If Len(cel1.Value) = 0 Or Len(cel2.Value) = 0 Then Exit Sub
 
 cel1.Font.ColorIndex = 3
 cel2.Font.ColorIndex = 3
 
 p = 1
 For i = 1 To Len(cel1.Value)
 For j = p To Len(cel2.Value)
 If Mid(cel1.Value, i, 1) = Mid(cel2.Value, j, 1) Then
 cel2.Characters(j, 1).Font.ColorIndex = xlAutomatic
 p = j + 1
 Exit For
 End If
 Next j
 Next i
 
 p = 1
 For i = 1 To Len(cel2.Value)
 For j = p To Len(cel1.Value)
 If Mid(cel2.Value, i, 1) = Mid(cel1.Value, j, 1) Then
 cel1.Characters(j, 1).Font.ColorIndex = xlAutomatic
 p = j + 1
 Exit For
 End If
 Next j
 Next i
End Sub