私なら､記者会見を開く余裕があれば開いた上で､そうでなければ報道各社に撃墜を命じたというFaxを流した上で撃墜させます｡
この問題は幾つかの問題を含んでいます｡
質問文からBou@Gameさんが認識されていると確認できる問題としては､
?たった100名の生命を躊躇した結果､さらに数十万の生命を失うこと
があるでしょう｡
質問文に書かれていないのでBou@Gameさんが認識されているか判断できないのが､
?撃墜せず､犯行を成功させたことによりﾃﾛｸﾞﾙｰﾌﾟが犯行をｴｽｶﾚｰｼｮﾝさせる可能性
?撃墜したﾊﾟｲﾛｯﾄ個人と自衛隊へのｹｱ

?､?はある程度ご理解できるでしょうから､?についてのみ解説します｡これは?とも密接に関連しています｡
命令があったとして､現在の日本では撃墜した戦闘機に搭乗していたﾊﾟｲﾛｯﾄや撃墜の命令を伝えた指揮官に対して旅客機の搭乗者の遺族などから批判の声を浴びせかけられることが予想されます｡
そうなった場合でも､現場指揮官､兵士を守るという姿勢を見せることがﾘｰﾀﾞｰとして必要だと考えます｡
実際に起こった事件としては1994年10月に発生した北海道東方沖地震で状況把握のため飛び立った自衛隊の偵察機が墜落､1名が死亡したものの災害救助要請が出される前であったことから､死亡した搭乗員は殉職扱いとならず､指揮官も更迭されてしまいました｡
その結果､1995年1月に発生した阪神大震災では自衛隊各基地の指揮官が地震発生直後に即応体制の命令を出すのに躊躇し､被害を拡大させてしまいました｡
今回の質問のようなｹｰｽが発生した場合､責任の所在を曖昧にしたまま命令してﾊﾟｲﾛｯﾄあるいは現場指揮官が躊躇してﾃﾛﾘｽﾄの計画を成功させてしまえば､決断が無駄になりますし､その後の責任をﾊﾟｲﾛｯﾄや現場指揮官に押し付けてしまえば､その後のﾃﾛｸﾞﾙｰﾌﾟの活動をｴｽｶﾚｰﾄさせてしまうからです｡