それをここで簡単に説明することは不可能かと思われます。それでだいたいの工程とその説明しているページを紹介しておきますので、後はそちらを見て勉強してください。
作成工程としては次のようになるかと思います。
http://pc.nikkeibp.co.jp/article/NPC/20080115/291096/
http://www.chomkoubou.com/d_doc/how2vcld.html
こちらのリンク集の動画がいろいろと参考になりそうです。
http://d.hatena.ne.jp/colorred/20070927/mikubeginner
動画の作成方法はいろいろあると思いますが、Flashで作ってしまうのが素材を用意するのも簡単かも。
かんたんwebアニメーション3
http://www.easyweb3.com/
http://www.youtube.com/watch?v=TbHIPNK5Mcs
ニコニコ動画の投稿方法
http://www.nicovideo.jp/watch/sm13890551
YouTubeへの投稿方法
http://www.youtube.com/watch?v=wr-bVnRO2Xk