所得税がなぜ控除対象にならないか？という事ですね｡
消費税に消費税がかからないのと同じ事です｡
(100円の商品に5円の消費税がかかり､その消費税にさらに5％､その5％にさらに･･･)
2重課税はありませんし(自動車税に消費税はかからない｡ｶﾞｿﾘﾝ等のみ特例､もう無くなったかな？)
2重控除もありません｡
あくまで経費等､引けるものは全て引いた残りに所得税がかかるので､払った所得税を控除する事はできません｡
所得税は業務遂行に必要な経費ではなく､業務がすべて完了したあとの利益に課税されるのであって控除外となります｡

1年目利益 1，000円
2年目利益 1，000円
3年目利益 1，000円

と同額の利益を出し続けることが出来たと仮定して､1年目の利益に課税される税金
1，000円×40％＝400円は､2年目の途中に支払うことになるので､2年目
の税金の計算は､(1，000円?400円)×40％＝240円にならないのか？

という質問の趣旨でしょうか？

上記の2年目の利益に対して課税される税金の計算で､1年目の利益に対して課税さ
れて､支払った税金の額を2年目の利益の額から差し引きしていますが､ｺﾚを認め
てしまうと､1年目と2年目と同じ利益の額であるにもかかわらず､支払う税金の額
が違うということになりますよね？

同じ利益で､同じ税率､ならば同額の税額となるべきですよね｡

なので支払った税金の額を､課税される利益の計算上必要経費として認めないという
仕組みになっています｡