線と線はちゃんと繋がって描いていますか?線と線の間があいていると他のところも塗りつぶしてしまいます。
前のコメントにもあったようにせんが繋がってないとはみだしてしまいます。もしくは線画と色をレイヤーでわけないと線が消えます。その色をぬったレイヤーは線画の下に移せばいいです。http://tech.clip-studio.com/howto/illuststudio/index参考になったら幸いです。