現状のアメブロではheadを編集できないので不可能です。JavaScriptで動的に追加するコードはウェブマスターツールのサイト所有者チェックで弾かれます。
アメブロではheadタグを編集できないので、Googleウェブマスターツールに登録することはできません。
http://upseo.blog31.fc2.com/blog-entry-49.html
アメブロはできません。
抜け道もありません。
できることは、アメブロに要望を出すことぐらいです。
googleアナリティクスの方は使えますし
アメブロの人でも使ってる人は結構います。