一般に､C言語で文字列の配列を扱うには､｢ﾎﾟｲﾝﾀへのﾎﾟｲﾝﾀ｣を使います｡
まずﾎﾟｲﾝﾀ群を入れる配列を用意した上で､その配列の個々のﾎﾟｲﾝﾀに文字列を登録していくわけです｡

例示するとこんな感じで：

void main()
{
char **array=func();
printf("%s",array[0]);
printf("%s",array[1]);
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}

char **func()
{
char **ret;
ret=(char **)malloc( sizeof(char *) * 10 ); <-文字列10個ぶんのﾎﾟｲﾝﾀ配列を確保

ret[0]=(char *)malloc( .... ); <-最初の文字列のﾊﾞｯﾌｧを確保
strcpy(ret[0] , ..... ); <-最初の文字列をｺﾋﾟｰ

ret[1]=(char *)malloc( .... ); <-2つ目の文字列のﾊﾞｯﾌｧを確保
strcpy(ret[1] , ..... ); <-2つ目の文字列をｺﾋﾟｰ
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return ret;
}

ご質問の例の場合も同様に処理することは可能ですが､fts_read()で得られる要素数の総数が事前にわからないのが難点になります｡上記例で最初にretに設定するﾎﾟｲﾝﾀ配列の総数が事前決定できないのです｡

この場合の解決方法はいくつか考えられます｡

• 総数がだいたいわかっているなら､絶対に上限を超えないくらいのｻｲｽﾞをﾎﾟｲﾝﾀ配列に指定する
• ﾌｧｲﾙ検索処理を2回行い､1回目で総数をｶｳﾝﾄしてからﾎﾟｲﾝﾀ配列に確保し､2回目で文字列を設定する
• realloc()を使ってﾎﾟｲﾝﾀ配列を動的に拡張しつつ登録する
• 文字列配列でなくﾘｽﾄ構造で管理する

いずれにしても､少々面倒な実装をする必要が生じます｡

C言語で書く場合､こんな感じかと｡
｢realloc()を使ってﾎﾟｲﾝﾀ配列を動的に拡張しつつ登録する｡｣の方針を使ってます｡ｻｲｽﾞは倍々ｹﾞｰﾑで｡

char **getPathList(char *path){
FTS* fts;
FTSENT *entry;
int size = 10;
char **retArray = malloc(sizeof(char *)*size)
fts = fts_open(path, 0, NULL);
int i;
for(i=0;entry = fts_read(fts);i++) {
if(i==size){
size *= 2;
retArray = realloc(retArray,sizeof(char *)*size)
}
retArray[i] = malloc(entry->fts_pathlen);
memcpy(retArray[i],entry->fts_path,entry->fts_pathlen);
}
fts_close(fts);
return retArray;
}

ここまで書いといてなんですが､
c言語とobjective-cを混同していません？