ファイル名を変更してみたらいいですよ。
短くしたりとか。
あと拡張子は 何にしてますか?
3DSで作成されたフォルダには入れないようにしてください。別途PCでフォルダを作成して、その中に入れれば起動時に音楽ファイルがある場所を検索しますので、表示されるはずです。
また、AAC形式でないと再生できません。私は「Craving Explorer」で変換しています。
http://www.crav-ing.com/
ファイル形式をAACまたはMP3にしないと聞けません。
また、8階層以下にあると表示できません。…確か