既にいくつか方法を試されてるようなのでダメもとですが、
(自分なりのワークスペースを設定しておくとぐちゃぐちゃになってもすぐ直せるので便利です)
http://q.hatena.ne.jp/1125370323
Illustratorでツールボックスが消えてしまったらhttp://totoco.org/blog/2008/0109-0128.php