クリアして売ってしまったので詳しくは覚えていませんが、マリオとルイージが行ったところであわなかったと思います!たぶん前にやったらクッパが消えていたような気がします(≧∀≦)
マリオとルイージはクッパのいる所へ行くと何故かマリオで来た場合クッパはいません。