メインとサブで表示位置がことなる原因として考えられるのは、
対症療法ですが、タイトルが長くてもはてブ数を見きれなくするならStylish等で以下のcssを適用すればOKです。
h3.r { overflow: visible !important; }
Stylish - Chrome ウェブストア - ホーム からStylishをインストールしたあと、Google検索_はてブ数表示(改)120309 - userstyles.org
からUserStyleSheetをインストール。
参考:Googleの検索結果一覧の右側に表示される、そのサイトのサムネー.. - 人力検索はてな