win chrome18.0.1025.162m, flah player 11.2.202.233 で動作確認。
navigator.plugins["Shockwave Flash"]
chromeでpluginを切るとundefinedが返ってきました。
(about:pluginsでchromeに内蔵されているものとシステムの2つとも無効にする。)
ウェブサイトからflash pluginがインストール済みかどうかの検出は無理だと思います。
SWFObject v2.0 ドキュメント日本語訳|Media Technology Labs (MTL) : メディアテクノロジーラボ
(回答内容と直接関係ない)
SWFObjectにはswfobject.getFlashPlayerVersion()のようにバージョン(プラグインの有効判定)を取得するAPIがありますね。