国立国会図書館で今年の1月6日から正式サービスとして稼働している 国立国会図書館サーチ(NDL Search) は、オープンソースで動いているようです。
国立国会図書館におけるデジタルアーカイブ構築 知の共有を目指して から読める PDF によれば、
ベースとなるシステムには,日本で開発されたオープンソースの統合図書館システムであるNext-L Enjuを採用し,そのほか,Webの収集ロボットであるHeritrix,分散ファイルシステムであるHadoop,連想検索エンジンであるGETAssoc,CMS(Content Management System)であるWordPressといったOSSを活用してシステムを構築している。
との事です。
Next-L Enju に関しては、Project Next-LとNext-L Enju 日本初のオープンソース統合図書館システムの開発と現状 から読める PDF に開発の経緯などの詳細があります。
もう一つ、教育ソフトウェア (Collaboration and Learning Environment) である Sakai を法政大学で導入した事例が、「Sakai を基盤とした全学教育システム構築」
http://bugs.ja-sakai.org/confluence/download/attachments/5308418/JaSakaiConf4_Tokiwa.pdf
で報告されています。
(余談になりますが、Wikipedia の Sakai Project によれば、"Sakai" というネーミングは、料理の鉄人の坂井宏行氏から取ったものだとか)
以上、お役に立てることを祈りつつ。
新井紀子さんの論文や書籍が参考になると思います。
http://researchmap.jp/arai_noriko/?lang=japanese
論文
研究資源・研究情報のエコサイクルの確立を目指して ReaDとResearchmapの統合がもたらすもの
http://www.jstage.jst.go.jp/article/johokanri/54/9/54_533/_article/-char/ja
Developing the Logical Thinking Ability by Introducing Learners' Mutual Evaluation on an Electronic Bulletin
(英語です)
http://www.actapress.com/Abstract.aspx?paperId=41204
書籍
私にもできちゃった!NetCommons実例でわかるサイト構築: ネットコモンズ公式マニュアル