http://www.kamilabo.jp/copi/index.html紙copiの有料版で、三階層まで可。\2,625です。定番ソフトで、安定してます。
Webページの保存と整理に便利なFirefoxのアドオン「ScrapBook」http://news.mynavi.jp/articles/2008/07/02/scrapbook/index.html