backlogも含めてすべてが無料ではありませんが、ご紹介します。
◇ciklone
http://ciklone.com/index.html
◇PROMA-C
http://devnavi.acroquest.co.jp/index.html
◇主なバグ管理システム
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%90%E3%82%B0%E7%AE%A1%E7%90%86%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0#.E4.B8.BB.E3.81.AA.E3.83.90.E3.82.B0.E7.AE.A1.E7.90.86.E3.82.B7.E3.82.B9.E3.83.86.E3.83.A0