Evernoteクリッパーのオプションで、利用している検索エンジンで検索した際に自分のEvernoteに保存してあるものを検索対象に加えるにチェックを入れてください。それで解決します。
解決法ではないのですが、色々と見ているとバージョンの問題のような気がします。http://ceron.jp/url/internet.watch.impress.co.jp/docs/news/20120419_527601.html