アプリケーション自体でのフィルタ方法は、そのアプリによります。
たとえばThunderbirdは検索フォルダーを使います。
http://mozilla.jp/thunderbird/support/kb/002653
http://news.mynavi.jp/articles/2008/05/25/thunderbird/010.html
他にはYahoo pipesを使って、フィードを加工する手があります。
http://pipes.yahoo.com/pipes/pipe.info?_id=c990db3a494f168c40f5c10b48fde0a8
これだと色々応用が利きます。