ぼくは､Perl があまり好きではありません(嫌いと言っても良い)｡
あの､とってつけたような文法を覚えるのが､非常に苦痛です｡
といったことを踏まえたうえでの回答です｡

* どちらがおすすめでしょうか？

どっちでも良いと思います｡
外部ｺﾏﾝﾄﾞを呼びまくるような Perl ｽｸﾘﾌﾟﾄなら､bash で良いじゃん､とか思いますが､
Perl で書いちゃ駄目､な理由にはなりません｡
Perl が得意ならば､積極的に bash を使うべき場面を思いつきません｡

* ﾒﾘｯﾄ･ﾃﾞﾒﾘｯﾄについて詳しく教えてください｡

ｼｽﾃﾑの構築や､ﾄﾗﾌﾞﾙ時に､ﾃｰﾌﾟや CD から OS をﾌﾞｰﾄするときには､/usr/lib がﾏｳﾝﾄされていない
状況を考える必要があった時代もあったので､ﾃｰﾌﾟﾌﾞｰﾄするときに必要なｽｸﾘﾌﾟﾄは､
/bin に配置されているｺﾏﾝﾄﾞだけで書くべし(Perl は外れる)という時代もありました｡
今どきは､そんなことを気にする時代じゃないと思います｡
ま､その場合は､bash もｱｳﾄで､/bin/sh を使え､ということになるんですが｡

* bashｽｸﾘﾌﾟﾄにできて､Perlにできないことはありますか？

無いと思います｡
ﾃｷｽﾄﾌｧｲﾙの加工であれば､bash で sed やら awk を使った方が簡単に書ける
場面も多いと思いますが､Perl ではできない､ということではないです｡


ぼく自身､必要に迫られなければ､Perl ｽｸﾘﾌﾟﾄを書きません｡
正規表現やｺﾏﾝﾄﾞｵﾌﾟｼｮﾝ程度なら､sed や getopts を使って書きますが､
どうにもならないのは､時刻を扱うとき｡
現在時刻の一週間前の時刻が欲しい､とか､相対時刻を年月日時分で欲しい､とか､
そういったときには Perl に頼らざるを得ません｡

ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑをｲﾝｽﾄｰﾙして良い､と言われれば､Ruby をｲﾝｽﾄｰﾙしちゃいますが､
それを禁止されると､Perl を使うしか､選択肢がありません｡

＞* どちらがおすすめでしょうか？

質問の条件なら Perl

> ﾒﾘｯﾄ･ﾃﾞﾒﾘｯﾄについて詳しく教えてください｡

Perlが入っていない環境がある
そういうのを意識する必要がない､関係ないのなら
ﾃﾞﾒﾘｯﾄはない｡

> bashｽｸﾘﾌﾟﾄにできて､Perlにできないことはありますか？

ない