SkyDriveはどうでしょうか。
iOSもAndroidも無料で使用できます。
DropBoxからGoodReaderで開き、GoodReaderでマーカーを入れて保存、そのファイルをDropBoxに保存するのではダメですか?
GoodReader ver2.7 初心者にやさしいDropbox対応 - iPhone plus +
GoodReader for iPhone v3.2.3: PDFに注釈記入、.txt編集、プレゼンにも使えます。【アプリ特集】 - AppBank
>同期するか直接編集する必要があると思っています。
ローカルで編集して
アップロードで、Dropboxに上書きとかで十分では?
dropboxは無理に同期しなくても使えますよね。
私はiPadなのですがDropboxとGoodReaderで授業のPDFファイルを見たりしています。
まず、PCからDropboxのフォルダにPDFファイルを入れ、
その後、iPadでGoodReaderを起動させ、
Dropboxのところからダウンロードして閲覧しています。
GoodReaderからDropboxを連携させる方法は
http://d.hatena.ne.jp/Kiphonen/20100316/p1
の4.GoodReaderとDropboxを連携させる。からわかると思います。
また、GoodReaderにDropboxのとの同期フォルダを作成することもできるようです。
http://www.sanzoudo.com/blog/archives/1947
マンガについてはi文庫というアプリを使っています。(iphoneでも同じ物があります。)
保存については、クラウドで同期するのが面倒(時間が掛かる)なので
iTunesで直接i文庫のフォルダに入れています。Dropboxと連携させることもできるようです。
端末の容量ですが、私のは16GBなのですが意外と大丈夫です。
もし、容量が無くなりそうであれば読み終わったら削除すれば良いし
読めない量は入れなかったら良いのでなんとか大丈夫だと思います。
それでもダメな場合はDropboxと連携させて使えば良いかなと…