フォルダを切らずにアプリをそのままホーム画面上に全部置いてるんではないでしょうか?
アプリの種類ごとにフォルダを切って使いやすくカスタマイズした方が楽ですよ。
http://www.ipodwave.com/ipod/mainmenu.htm
最大ページ数を超えたものはItunes上では表示できますが、Ipod上にアイコンを表示できないので実質使い得ないのと同じ状態になるようです。
表示できないアプリはItunes側で操作して削除するか、上のやり方でホーム画面の"空き"を増やしてから整理してください。
http://iphone.wikiwiki.jp/?%BB%C8%A4%A4%A4%B3%A4%CA%A4%B7#l3a5b0fa
IPhoneの旧世代では12ページ以上にホーム画面を増やす裏技があったようですが、かなり怪しいやり方なので全くお勧めできません。
iOSでは表面上最大11ページまでしか表示されませんが、アイチューンズを介せば、本体では見えなかったページも表示されます。
解決方法としては、フォルダーを作り、同じようなアプリを纏めることです。
ジャンルごとに纏めるのが判りやすいと思います。
http://support.apple.com/kb/PH1688?viewlocale=ja_JP
http://support.apple.com/kb/PH1672?viewlocale=ja_JP
アプリの上を長押しタップしてください。
そうすると、各アプリのアイコンが振動したでしょう?
振動しているアイコンをタップしたままドラッグして、他のアイコンの上にドラッグドロップしてください。
そうすると、フォルダが作られて、二つのアイコンがひとつのフォルダに収納されたでしょう?
こうやってアイコンをフォルダにどんどんまとめて、ホーム画面に空きスペースを作ってください。
空きスペースが十分できたなと思ったら、ボディーの上にあるボタンを長押しして、シャットダウンします。
再び、上のボタンを長押しして起動したら、11ページよりも後のページに隠れていたアプリのアイコンが、出現しますよ。
つまり、11ページに入りきらなかったアプリは表示できなかっただけで、隠れていたんです。だから、アプリのアイコンをフォルダに整理して、空きスペースを作ってやれば表示されるんです。
最初のページ(1ページ目)で左から右にスワイプ、
もしくはホームボタンをダブルクリックすると検索ページが表示されます。
11ページに収まらなかったアプリもiPod内には存在していますので、
アプリの名前や作者名などのキーワードで検索することで、
検索結果のリストから選択してアプリを起動することができます。
(アプリが増えすぎてどこのページにあるかわからないときにもおすすめです)
ただ、いちいち検索する手間がありますので、
他の回答者様の薦めるようにフォルダ分けをするのがベストかと思われます。