http://www.sourcenext.com/product/pc/ikp/pc_ikp_000517/

いきなりPDF from ｽｷｬﾅ2
まずこのｿﾌﾄでpdfにして

いきなりPDF to Data
pdfからｴｸｾﾙにします｡

こちらのｿﾌﾄを検討してみて下さい｡
e.Typist http://mediadrive.jp/products/et/index.html
OCRｿﾌﾄです｡
表を取り込む場合に､ｽﾞﾚたりくっついたりという誤認識が厄介になったり､要らない部分は除去したいと思うことがありますが､このｿﾌﾄはそういうｹｰｽでも極力対応できる機能を備えています｡
http://pac.mediadrive.jp/faq/index.php?action=artikel&cat=1310&id=2566&artlang=ja
http://pac.mediadrive.jp/faq/index.php?action=artikel&cat=1310&id=2547&artlang=ja

出力形式も豊富です｡
http://mediadrive.jp/products/et/index3-3.html

無料体験版もあるので､まずは使い勝手を確認してみてはいかがでしょう｡

これらのｿﾌﾄを使えば､いちいちPDFに変換しなくても直接Excelに変換できます｡
SmartOCR Lite Edition概要(ｻｲﾄ内ﾘﾝｸ切れ)
http://www.forest.impress.co.jp/article/2005/11/29/smartocrlite.html
すいません､細かい部分が抜けてました･･･No.4の回答でWindows7やVistaだとｲﾝｽﾄｰﾙできないと指摘があったので補足です｡自己責任ですがVistaでSmartOCR Lite Editionをｲﾝｽﾄｰﾙする方法はあります｡

SmartOCR Lite を Windows Vista で使う方法
http://ww35.tiki.ne.jp/~genese63/smartocr.html
関連質問
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/5398210.html

Windows7ならWindows XP ﾓｰﾄﾞでｲﾝｽﾄｰﾙできるかもしれません｡(ただし､Windows 7 Professional､Ultimate および Enterpriseのみ)
http://windows.microsoft.com/ja-JP/windows7/products/features/windows-xp-mode
あとﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞしたﾌｧｲﾙをｾｷｭﾘﾃｨｿﾌﾄでｳｲﾙｽﾁｪｯｸするのをお忘れなく｡

SmartOCR Lite Editionﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞ(無料)
http://www.4shared.com/zip/3BvRG8Ng/SmartOCRlite107.html

読んde!!ｺｺVer.13(有料)
http://shop.vector.co.jp/service/catalogue/sr076620/
認識ｻﾝﾌﾟﾙ03を見ると､ｴｸｾﾙにも変換できそうです｡
http://shop.vector.co.jp/service/catalogue/sr076620/sample.php

SmartOCR Lite を紹介している人がいたので､ちょっと気になりました｡
http://ocr.rossa.cc/

Windows 7やVistaについてはReal Raeder Liteで対応していますので､(株)ﾃﾞｰﾀﾃﾞｼﾞﾀﾙ様のｻｲﾄをご覧ください｡

ｽｷｬﾅｰで取り込んだ画像から文字を取りだすｿﾌﾄ (OCR って言います) は､
お金がかかるものがほとんどなので､SmartOCR Lite は､ただなので､
ある意味､貴重なんですが､Windows 系 OS の今どきのやつに対応しているのかどうか
怪しいところがあります｡

RealReader Lite
http://data-digital.sakura.ne.jp/RealReaderLiteTop.html
これは､お試し期間があるものの､お金がかかるやつです｡
お金を出しても良い､ってことであれば､試してみても良いのかな､という感じです｡