質問1: protected修飾子の使い方について
ｶﾌﾟｾﾙ化を緩めたいのはどんなときでしょうか？
ｻﾌﾞｸﾗｽからｱｸｾｽ可能にするﾒﾘｯﾄは何でしょうか？

ｶﾌﾟｾﾙ化を緩めるために使うわけじゃありません｡

public class Base {
 ...
}

public class DerivedA extends Base {
 private void foo() {
 ...
 }
 public void bar() {
 foo();
 ...
 }
}

public class DerivedB extends Base {
 private void foo() {
 ... // 実は､DerivedA::foo() と同じ処理
 }
 public void qux() {
 foo();
 ...
 }
}

と書くよりも､以下のように書いた方が良いですよね｡

public class Base {
 protected void foo() { // foo は､外に見せたくない(ｶﾌﾟｾﾙ化)
 ...
 }
}

public class DerivedA extends Base {
 public void bar() {
 foo();
 ...
 }
}

public class DerivedB extends Base {
 public void qux() {
 foo();
 ...
 }
}

質問2: ﾒｿｯﾄﾞのｵｰﾊﾞｰﾗｲﾄﾞについて
ｽｰﾊﾟｰｸﾗｽでﾒｿｯﾄﾞだけ定義し､ｻﾌﾞｸﾗｽでﾒｿｯﾄﾞをｵｰﾊﾞｰﾗｲﾄﾞする場合があるようですが､ｽｰﾊﾟｰｸﾗｽのﾒｿｯﾄﾞ定義はなんのためにあるのでしょうか？

例えば､こんな感じ｡

public Figure {
 /*
 抽象化された｢図形｣ｸﾗｽでは､どうやって描画して良いか分からない
 */
 abstract public void draw();
}

public Circle extends Figure {
 public void draw() { // 円の書き方は､分かる
 ...
 }
}

public Circle extends Square {
 public void draw() { // 四角形の書き方は､分かる
 ...
 }
}

public Foo {
 public void bar() {
 List<Figure> figureList = ...;
 for (Figure figure : figureList) {
 /*
 どんな図形が List に入ってるか分からなくても､描画はできる
 */
 figure.draw();
 ...
 }
 }
}

他にも､ﾃﾞｻﾞｲﾝﾊﾟﾀｰﾝのTemplate Method ﾊﾟﾀｰﾝなんかは､ｽｰﾊﾟｰｸﾗｽで抽象ﾒｿｯﾄﾞを定義しているのが肝ですよね｡