どちらか選ばないといけないならリンスでしょう。
理由は後で使うからです。
シリコンを髪に残したくないという目的優先の場合の選択です。
後で、髪に浸透させたい栄養成分や、頭皮に効く育毛剤などの効果が上がります。
シャンプーだけノンシリコンにしても、後でリンスでシリコンをつけてしまってはシャンプーをノンシリコンにした意味が薄れると思います。
『シャンプーには、シリコンとノンシリコンの2種類がある』という前提が誤っていると思います。
http://www.yomiuri.co.jp/komachi/news/20120421-OYT8T00302.htm
これは石鹸の例ですが、最新の成分を採用した結果、深刻なアレルギー被害を起こした最近の例です。
体につけるものについては、長い期間使用して初めて問題が出る成分が多数あると思い、それは、シリコンに限らない。とおもいます。(シリコンの分量の問題もあるでしょうし)
つまり、シリコンが入っているから危険 シリコンがないから安全という考え方自体がナンセンスな分類だと思います。
シャンプーにしろ、リンスにしろ、全部の成分が安全かどうか?成分の組み合わせが安全かどうか? 配合比率が安全かどうか? という話であって、たった1つの成分だけを例にとって是非を言えるほど簡単なものではないと思います。
個人的には、古くからあるメーカーの古くからあるシリーズを選ぶようにしています。最新製品は少し待って、問題被害が出ないかどうか待って、問題がなければ試すようにすると良いと思います。
危険な成分と言われても、そのへんのおばちゃんが、何十年も使い続けて問題が出ていない成分に対して、危険と言われても。という話もあると思います。
体質の問題もあるので、そういうシリーズの中から、選ぶのが安全かと思っています。
というわけで、買ったものにたまたまシリコンが含まれていても、『同じ製品』を長期間使った人の髪に問題が出ていなければ気にしませんし、逆に含まれていなくても、他の人に問題が出ているようなら買いません。
シリコン系は使用した後の不快感(かゆみなど)が半端ないので、
ノンシリコン系を使います。
髪の健康を守りたいから、ノンシリコンを選びます。