スタイルが反映されない HTML というのは、どこに置いてありますか?
もしかしたら、index フォルダの中に置いてたりします?
<link href="../css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="all">
css/style.css は絶対パスになってるかもしれません。
index/hogehoge.htmlからcss/style.css を相対パスで参照したいならば、下記になります。
../css/style.css
軽く説明しますと、
相対パスは呼び出す側から順に辿るので下記のような具合です。
hogehoge.html → index → ルート → css → style.css
hogehoge.html から index を相対パスで示すと . になります。
(. は所属しているディレクトリを意味します。これは通常省く事が出来ます)
hogehoge.html から ルートを相対パスで示すと .. になります。
(親ということです)
hogehoge.html から css までを相対パスで示すと ../css になります。
(兄弟/姉妹/兄妹/姉弟・・・)
hogehoge.html から style.css までを相対パスで示すと ../css/style.css になります。
(これが求めていたもので、上に書いた答えとなります)
下記は、URL必須ということで、一応有名どころを書いておきます。
http://www.tohoho-web.com/wwwunix.htm#RelativePathName