修飾子eを使います｡置換文字列は後方参照を解決した後､evalされます｡
http://ideone.com/7RFQp
http://www.php.net/manual/ja/reference.pcre.pattern.modifiers.php

preg_replace_callbackを使えば良いです｡

<?php
$str = "ほげ<a>ﾘﾝｸ</a>､ここです｡\n";

// php-5.3以上ならｸﾛｰｼﾞｬが使えるので以下のように書けます(php-5.3未満だと文法ｴﾗｰ)
$str2 = preg_replace_callback('/(<a.*?<\/a>)|(ここ)/', function($m) {
 return $m[1] ? $m[1] : $m[2];
}, $str);
echo $str2;


// php-5.3未満の場合､その1(関数を作っておき名前で指定)
function func($m) {
 return $m[1] ? $m[1] : $m[2];
}
$str2 = preg_replace_callback('/(<a.*?<\/a>)|(ここ)/', 'func', $str);
echo $str2;


// php-5.3未満の場合､その2(無名関数を利用)
$str2 = preg_replace_callback('/(<a.*?<\/a>)|(ここ)/', create_function('$m', 'return $m[1] ? $m[1] : $m[2];'), $str);
echo $str2;

ただこの例だと､Cherenkovさんのｺﾒﾝﾄの指摘のように preg_replace('/ここ/', '<strong>$1</strong>', $str) で良いですよね？
まぁ多分､例が悪かっただけで趣旨はｺｰﾙﾊﾞｯｸ関数での置換方法だと思いますが｡