一例

<?php
// ﾃﾞｰﾀ準備
$t = 'ここから<a href="">ここまで</a>を<img src="x.gif" alt="ここ画像" />ここのように';

// 置換ﾊﾟﾀｰﾝ準備
$p = array(
 '!ここ!',
 '!(a.+?)<a href="x.html">ここ</a>!'
);
$r = array(
 '<a href="x.html">ここ</a>',
 '$1ここ'
);
// 置換と出力
echo preg_replace($p, $r, $t);


//下記と同じ意味になっています｡
echo preg_replace('!(a.+?)<a href="x.html">ここ</a>!', '$1ここ', preg_replace('!ここ!', '<a href="x.html">ここ</a>', $t ) );

出力結果

<a href="x.html">ここ</a>から<a href="">ここまで</a>を<img src="x.gif" alt="ここ画像" /><a href="x.html">ここ</a>のように

http://ideone.com/SdAOd
基本は｢(＜a.*?＜\/a＞)|(ここ)｣と同じですが､ちょっと改良したのと､｢＜.*?\＞｣(phpなので念のため＞をｴｽｹｰﾌﾟしてます)というﾊﾟﾀｰﾝを追加してます｡
｢＜a.*?＜\/a＞｣は｢＜(a)\b.*?＜\/\3＞｣とすることで

• 最初の｢a｣が単語である(後に英数字が続かない)こと
  • そうでないと＜address＞ﾀｸﾞとかにﾏｯﾁする(後ろに＜a＞＜/a＞があれば)
• 閉じﾀｸﾞが前と対応していること

となってます｡二つ目は不要かもしれませんが､たとえばｺﾒﾝﾄｱｳﾄしてあるやつのように､｢(a)｣を｢(a|textarea)｣とすればaﾀｸﾞ以外にtextareaﾀｸﾞに囲まれている部分も置換しなくなります｡
追加したﾊﾟﾀｰﾝが｢＜.*?\＞｣なので

• imgに限らずすべてのﾀｸﾞ内の｢ここ｣は置換しません

実用的にはこちらの方だろうと思います｡もしimgに限定したいなら｢＜img\b.*?\＞｣になります｡
あと､修飾子eに加えてiも指定してるので､ﾀｸﾞが大文字でも対応します｡
＃面倒なので<>はすべて＜＞に変換してます｡

<?php
$path = "x.html";
$string = fgets(STDIN);
$patterns = '!(ここ)|(<(a)\b.*?</\3>|<.*?\>)!ie';
//$patterns = '!(ここ)|(<(a|textarea)\b.*?</\3>|<.*?\>)!ie';
$replace = '"\1"?"<a href=\"$path\">\1</a>":"\2"';
echo preg_replace($patterns, $replace, $string);
?>