状況がわかりにくいので確認しますが、一度目は動く(認証が通り、/meの情報が取得できている)のですね?
それと認証を取り消すというのはFacebookにログインしてアプリを削除しているということでいいですか?
一度目も二度目もSDKが生成するログインURLに飛ばしているんですよね?
また、一度目と二度目の間に友達を増やしたりはしていないですよね?
それと、一度目と二度目というのはどういう区切りですか?プログラムを2回実行するという意味でいいですか?プログラムの実行は1回で、その途中で認証を取り消している意味ではないですよね?
PHP-SDKはセッションにFacebookの情報を保存するはずなので、連携後にprint_r($_SESSION);でアクセストークンを見ることができますので一度目の連携後と二度目の連携後でそれぞれ確認してください。
また、二度目の連携前にセッションをunsetしてから二度目の連携を実行してセッション情報に何か変化がないか確認してください。