Rhino : JavaScript for Java @mozilla
http://www.mozilla.org/rhino/
SpiderMonkey @mozilla
https://developer.mozilla.org/en/SpiderMonkey
サーバサイドってイメージは、全然ありませんけど。
Aptana Jaxer
http://www.aptana.com/
https://github.com/aptana/Jaxer
オフィシャルに、どれを貼れば適切なのか、分からなかったので二つ貼ってます。
最近、めっきり聞かなくなった気がするけど、Aptana Studio を含めて、使ってる人はいるのかしらん。
こちらは参考に、gihyo.jp の連載。
http://gihyo.jp/dev/serial/01/jaxer
『Wakanda』
サーバーサイド、クライアントサイド、開発環境(IDE)もふくめて提供しているようです。
http://www.wakanda.jp/